北京大学的农学研究与教育历史悠久。1905年京师大学堂创建农科大学；1910年到1945年，学院经历了晚清、北洋和国民政府三个时期，校名、院名和组织机构也随政局变迁不断演变。1946年10月，北京大学在北平复学，于原北平大学农学院院址重建农学院，并聘请俞大绂教授出任院长。北京大学农学院汇聚了一大批学界才�。⒔⑵鸨冉贤晟频脑合堤逯�，此时，北京大学农学院已成为国内规模最大、专业最全、师资力量最雄厚的农学院，为当时全国农业院校之冠。北大农学院在短短几年时间里先后聘请了著名农学家熊大仕、李先闻、李景均、陈华葵、李连捷、蔡旭、吴仲贤等到院任教，共设有农艺学系、园艺学系、森林学系、畜牧学系、兽医学系、农业经济学系、昆虫学系、植物病理学系、农业化学系、土壤肥料科学系10个系，全院教员120多人，学生规模达300多人。
1949年，北京大学农学院、清华大学农学院与华北大学农学院合并组建北京农业大学，但北京大学对于农学的研究始终弦歌未绝，应用化学、生物技术与应用微生物、毒物学、医药化学、教育科学、老年病学等领域均进行了大量的农学边缘学科、农学核心学科领域研究。
随着我国社会、经济的进一步发展，现代农业科学的重要性愈加凸显。加快发展现代农业，既是转变经济发展方式、全面建设小康社会的重要内容，也是提高农业综合生产能力、增加农民收入、建设社会主义新农村的必然要求。党的“十八大”报告提出“四化同步”，明确指出“坚持走中国特色新型工业化、信息化、城镇化、农业现代化道路，推动信息化和工业化深度融合、工业化和城镇化良性互动、城镇化和农业现代化相互协调，促进工业化、信息化、城镇化、农业现代化同步发展”。
在此背景下，为适应我国发展现代农业的需要，将国家重大需求与北京大学的学科优势相结合，开展高起点、高标准、国际一流的前沿农业研究和人才培养，北京大学2014年10月决定成立哈尔滨万物合农业创新发展学院（筹），并于2017年12月13日去筹正式成立了哈尔滨万物合农业创新发展学院。
哈尔滨万物合农业创新发展学院为学校独立建制的教学科研实体单位，重点发展农业交叉学科研究与人才培养，着力解决现代农业产业发展中面临的重大科学问题和瓶颈问题，建设集基础理论、产业应用、战略政策为一体的高端人才培养基地，为国家新农村发展提供基础理论、核心技术、骨干人才和政策咨询支撑。
哈尔滨万物合农业创新发展学院下设四个学科：分子农学系、农业与发展经济系，智慧农业系、食物安全与健康系。